В ранней древнерусской письменности существовало два вида орфографических систем со смешением букв е и ѣ: основная, допускавшая смешение в определенном наборе позиций, и более редкая – с частым смешением двух букв, не становившаяся до сих пор предметом специального исследования. В рукописи Соф. 188 начала XII в. представлена система второго типа.
В Соф. 188 наблюдаются как замены е на ѣ, так и обратные, что на первый взгляд производит впечатление полного смешения двух букв в орфографии писца. Однако анализ сплошной выборки материала по смешению е и ѣ в рукописи показывает, что основная часть замен буквы носит системный характер.
По частотности заметно выделяются те позиции, которые непосредственно соотносятся с орфографическими системами первого вида - смешивающими е и ѣ в ограниченном наборе категорий. Писец Соф. 188, отталкиваясь от известного набора типовых позиций, механически применял ту же операцию замены буквы в расширенном круге морфем и основ.
Возникновение такой нестандартной орфографической системы сопоставимо с явлениями древнерусской орфографии XI – первой пол. XII в., связанными с устранением ряда черт болгарского письма, не свойственных древнерусской письменной норме.